В очевидных физиологических последствиях удушения: перекошенное лицо, вывалившийся язык и т.д. и т.п.

Вообще-то звучало:

При том, что в реальной истории японцы в русско-японскую войну сильно зависели во многих отношениях от Великобритании и потому старались соблюдать принятые в Европе законы и обычаи войны. А тут нам предлагается наказывать японцев за дела, которые они ещё не совершили ("отряд 731" действовал в тридцатые-сороковые годы двадцатого века) и уподобиться военным преступникам, осуждённым на Нюрнбергском и Хабаровском процессах.

Вообще, коллеги, обсуждение казней и пыток вызывает у меня горестное недоумение. На всякий случай напоминаю что Мюллер и Рольф* в "Семнадцати мгновениях весны" отрицательные персонажи. Вы хотите, чтобы Ермак им уподобился?

Причём допрос японского шпиона по-моему гиблое дело. В Японии в ходе борьбы между кланами феодалами (а также феодалов с непокорностью податных сословий) были выработаны как пугающие нас методы пыток и тактика ведения допроса и вообще следствия над вражескими агентами, так и способы противодействия им. Тем более эффективных, что в данной конкретной ситуации японцу противостоит европеец, буддисту - христианин и т.п. Оно, конечно, Ермак с большой вероятностью знает что для японца самоубийство не грех и соответственно проинструктирует охранников и тюремщиков, но это лишь одно из множества культурных отличий, на которых можно напороться. А цель ГГ - не месть, а раскрытие и обезвреживание агентурных сетей японцев и любой вариант, кроме "поющего" японского разведчика для него провал.

По-моему продуктивнее действовать через связи и окружение выявленных японских агентов. Культура культурой, но телепатией японцы не владеют, они должны писать письма и подавать условные сигналы. Которые носят курьеры (возможно, невольные). О господине, нанимавшем служителей, многое могли рассказать эти служители, о постояльце гостиницы - портье и уборщики и т.д. и т.п. Так можно найти "слабое звено" - сотрудника японской разведки, пусть и не так информированного, как резидент, но более податливого и сговорчивого. Солдаты глупее офицеров (по крайней мере в демократичных государствах, где нет прочных сословных границ), а новобранцы не так стойки, как ветераны. Да и шок от неожиданного ареста размягчает. Уличённых шпионов, конечно, нельзя оставлять без внимания, но пусть их допрашивают обычные жандармы обычными методами.

*) Рольф - гестаповец, который пытал ребёнка радистки Кэт и которого к радости зрителей застрелил Гельмут.

Хорошее знание письменного японского языка в России начала 19 века - явление редкое, а написано будет еще и с шифрованием кодовыми словами. Получение результата выглядит рояльным.

Это вариант рабочий. Потому что, вопреки распространенному мнению, далеко не каждый японец - упертый фанатик, многие из них вполне обычные люди, которые хотят жить и боятся пыток и смерти. Вопрос в уровне осведомленности гипотетического слабого звена.
ИМХО, в данном случае главная задача - это парализовать шпионскую сеть японцев перед началом войны. То есть, взять максимальное количество звеньев агентурных цепей, и эти цепи порвать. Получение информации - как совершенно справедливо отмечено, дело крайне сложное в данном случае, агентура высокого уровня скорее умрет, чем расколется. Но сам факт задержания агентов уже нанесет удар по эффективности сети.
Что еще хорошо бы предпринять. В отличие от русских, для которых "все азиаты на одно лицо", китайцы очень даже умеют отличать японцев от своих. Вот если бы с помощью китайцев запустить "частый невод" и задерживать всех японцев, выдающих себя за китайцев или корейцев, это уже дало бы результат, как минимум, количественный - отлов немалой доли звена сборщиков информации и ее передачи. Ну и чтобы среди своих китайцы запустили "мессэдж" - за помощь японцам смерть каждому, и смерть эту принесут сами китайцы.

Японцу (точнее буддисту) это безразлично — у них нет привычного нам ритуала прощания с покойником в открытом гробу, они своих покойников, тщательно упаковав, отдавали в храм для кремации.

Слышал я, впрочем, что японцев волновала комплектность трупа. Тамасигири (испытание мечей на трупах казнённых преступников) сильно беспокоило  родственников этих самых казнённых и потому этой процедуре подвергали лишь совершенно безродных. Так что может и удастся разговорить кого из агентов, пообещав ему в случае согласия кремацию по всем правилам, а в случае отказа отдать в университет студентам, чтобы отдельные его органы и члены вечно хранились в тамошнем анатомическом театре...

Для того, чтобы изобличить японского агента достаточно отличать японскую грамоту от китайской. Как вы справедливо заметили, задача Ермака — дезорганизовать японские разведсети.

И ещё одна мысль в тему: успехи японской разведки сильно преувеличивались во время осмысления поражения в Русско-японской войне. Потому что многим было трудно признать системные проблемы государства и армии. Оно, конечно, с точки зрения привлечения читателей шпионские страсти завлекательнее, но для победы двухпутный Транссиб и зубатовский (лояльный властям) профсоюз железнодорожников на нём важнее. Война это не покер, и знание расклада не поможет японцам если своевременно перебросить по железной дороге козырные тузы...

Занудства ради - это не всегда возможно. И в японском, и в китайском иероглифы одинаковы по начертанию и значению. Вот кану от иероглифов отличить можно.