Вспомните реальную историю: ИВС встретился с будущим патриархом Сергием в 1943 году (начало послаблений православной церкви), разрешено избрать патриарха; в 1945 году избирается новый патриарх Алексий I, в 1945-47 годы - попытки ИВС сподвигнуть православные церкви собраться в Москве на 8 вселенский собор (была выбрана дата - 1948 год как 950 лет крещения Руси), однако восточные патриархи не пожелали принять участие; в 1949-52 годы - снижение диалога с церковью, вновь закрыты ряд храмов.
В этой АИ будет несколько иначе, но идея 8 вселенского собора в Москве достойна того, чтобы на неё обратить внимание.     Кстати, а Патриарха Сергия уже избрали?
Три момента:
1. ИВС не должен быть крестным - помимо шока у населения будет куча вопросов иностранных спецслужб типа "Ху из мистер Лисофф"?? А это неизбежные проблемы Лисова при выезде за рубеж.
2. Крещение не должно широко освещаться в отечественной прессе. ИМХО, лучший вариант: статьи в прессе типа "Советское правительство передало Русской Православной церкви комплекс зданий культового назначения и ряд предметов культа из запасников музея. Патриарх Сергий в присутствии ИВС и членов Правительства отслужил благодарственный молебен и службу "во одоление супостата и ниспослании победы русскому воинству". После службы впервые за 15 лет в храме состоялся обряд крещения младенцев". Три фотографии: Патриарх у аналоя, ИВС и члены правительства в храме, священник окунает сына Лисова в купель.    
Для понимающих - достаточно.
3. Считаю правильным помимо РПЦ дать слово мусульманам и буддистам, чтобы они могли высказать всемерную поодержку советсткому народу, ведущему тяжелую борьбу с фашизмом и мировым империализмом. Тем более, что в те же годы некоторые послабления были и для этих религий. (ЕМНИП, главный российский дацан в Бурятии был открыт как раз в 1945 году).

И ещё: в РИ в 1944 году Тува (Тыва) вошла в состав СССР. Не забудьте.