ИМХО захват судна вполне реален.
А вот погрузка в ракетные шахты выглядит чересчур фантастично.
Царапает маскировка под советское судно. Это такой засвет, что трудно будет внимание отсечь.
Не говоря уже о том, что для сохранения секрета надо сделать так, противник не должен даже захотеть узнать секрет, и не знал о его существовании.

В контейнер Гранита в принципе можно засунуть любой подходящий по габаритам груз (мы так зимовщикам под полюс несколько раз припасы доставляли). Грузить тяжело и в любом случае нужна рампа, хотя бы сборная, - контейнеры сильно наклонены и внутри имеют, как ни странно много относительно хрупкого оборудования. Вытаскивать элементарно - по направляющим. Что бы не мучиться с сохранностью груза необходимо предусматреть набивку плотным, но относительно мягким материалом. На практике транспортные контейнеры двухслойные и внешний слой надувной, - опустили в шахту, дернули пусковой шнур, контейнер раздулся и намертво встал по направляющим.
Таким образом - операция возможна, при должной подготовке, но займет довольно много времени.

Проще утопить
В этом случае у америанцев не будет урана. (У нас тоже будет расчет только на свой - но не надо потакать жабе )
А так, ежели захватить судно можно...
Тады, значит, что?...
Судно захватывается. Экипаж отправляется на корм рыбам ("В борт ударили бортом, перебил всех потом!.." (с) ) К механизмам приставляется минимум необходимого количества народа из экипажа "Воронежа". После чего пароход берется на буксир, лодка погружается и тягает добычу к себе, не заходя ни в какой порт. В случае появления кого-нибудь - лодка отцепляет буксир и топит появившегося, после чего продолжает буксировку

Сам факт, что относительно недалеко проходило советское судно - уже повод для подозрений.
Если кто-то, пусть даже много позже, заметит, что тот же проект - начнут уже копать всерьез.
Зачем привлекать внимание?