У вас везде продолжение речи персонажа идёт с новой строки, тогда как оно должно идти сразу за поясняющей "вставкой":

- Нет, не так. – Я медленно покачал головой: - Сарен исполнитель, пешка, об этом упоминала и Бенезия, перед смертью.

Поэтому в вашем тексте, в кусках, где идёт диалог, крайне сложно уследить, кто что говорит. Если возможно, это лучше исправить. Кстати, после "Бенезия" запятая лишняя:
об этом упоминала и Бенезия перед смертью

Здесь запятая после "хмыкнул" не совсем в тему: дальше идёт пояснение причин этого "хмыканья", поэтому лучше поставить двоеточие:

Отключив связь, я хмыкнул: похоже, пошла реакция на мои вчерашние разборки с Советом

То же самое с запятой после "тянуться": далее следует пояснение, поэтому либо тире, либо двоеточие:
А то я уже было собрался тянуться — помимо посла с сенатором, в кабинете оказалось еще двое

Ты уже понял, что все эти слова, о благе, о процветании, о безопасности, которые декларирует Совет, как ценности распространяемые на всю галактику, касаются только их троих
После слова "слова" запятая лишняя. Кроме этого, не совсем понятно сформулировано "декларирует Совет, как ценности ..." и далее. После "декларирует Совет" однозначно запятой нету, а дальше для понятности возможно стоило бы переформулировать, что то типа: " которые декларирует Совет как общегалактические ценности" или "которые Советом провозглашаются общегалактическими ценностями" или "которые Советом провозглашаются как общегалактические ценности" , что-то типа такого.

"Одно меня радует" лучше выделить в отдельное предложение:
Так что иллюзий по данному поводу я не испытываю. Одно меня радует:

Вообще-то, по канону, если оригинальная королева убита, то вместо нее будет какая-то выведенная жнецами... Причем, НЕДОГОВОРОСПОСОБНАЯ (т.е. в какой-то момент "просто" уходит).

Манделл обернулся к адмиралу: - Я думаю, ничего страшного не произойдет, если мы передадим «Нормандию» комиссии. Думаю, коммандеру не помешает в его расследовании такой корабль.
- Ничего не имею против. – Коротко кивнул тот.
-На том и порешим. – Сенатор плюхнулся в кресло, по хозяйски развалившись. Вальяжно крутанул кистью, привлекая внимание Удины, распорядился: - Прикажите принести каких-нибудь закусок, что ли, надо обсудить детали, а это процесс не быстрый.

***
На фрегат я вернулся только к вечеру, с двойственными ощущениями. С одной стороны, понимание ситуации сенатором, было мне на руку, я-то считал, что придется долго объяснять, приводить факты, уговаривать, в конце концов. А все вышло куда проще, думал что самый умный, а оказалось – не умнее других. Разведка да дипкорпус тоже не лаптем щи хлебают. С другой стороны, это его спокойствие, словно он знал, что так и будет. Что я выйду из СПЕКТР, или совершу еще что-то в этом духе. Когда Манделл спрашивал о причине выхода, он словно уже заранее знал или догадывался, и сейчас просто удостоверялся в правильности своих выводов. А действия потом? Да чувство удовлетворения он даже не пытался скрывать, словно все шло по заранее намеченному плану, словно все мои действия, все поступки, четко укладывались в этот план. И план этот лично сенатора, посол  в него посвящен не был, иначе не разорялся бы так про моему поводу, как и Хакет. Только вот адмирал о чем-то явно догадался, некий ледок в его поведении, я сначала, ошибочно, принял на свой счет, однако сейчас, еще раз прокрутив разговор в голове, склонялся к мысли, что недовольство было как раз сенатором.

***
Короткое отступление.

Сенатор пригубил коньяк, по такому случаю извлеченный из неприкосновенных запасов Удины. Он придерживался правила, что в одиночку пьют только алкоголики, но ради такого повода, грех было не откупорить благородный напиток.
Вспомнив весь разговор с Шепардом, Манделл позволил себе открыто улыбнуться, благо покой одного из первых лиц Альянса никто не нарушал.
Помещение был максимально защищено от прослушки, поэтому он мог расслабиться, в кой-то веки, сбросив приевшуюся маску. Покрутил пузатый бокал на короткой ножке перед глазами, любуясь янтарным содержимым на просвет.
- Что ж, Харпер будет доволен. Мы в нем не ошиблись.

***
На борту меня перехватил Пресли. Старый служака, был, как всегда, до неприличия аккуратен и гладко выбрит.
- Коммандер. – С недавних пор, он несколько поменял свое отношение ко мне, и в его голосе уже не сквозило, набившее оскомину, высокомерие.
- Поздравляю, капитан! – Отметил я повышение в должности. Как бы к нему не относились, никто не отрицал его достоинств как офицера.
Пресли степенно кивнул, воспринимая как должное. Загадочно усмехнувшись, произнес: - Зайдите на пост дальней связи, с вами хочет поговорить один небезынтересный субъект.
Сославшись на занятость, он скрылся у пилотов, а я, заинтригованный таким поведением, не склонного к театральности офицера, поспешил в рубку связи.
И скажу честно, увиденное там, меня не разочаровало. На посту, из стороны в сторону прохаживалась голограмма до боли знакомого крогана, Урднота Рекса.
- А, Шепард, уже НЕ Спектр Совета! – Хохотнул тот.
- Я смотрю, тебя уже выпустили?! – Подивившись тому, как быстро расходятся слухи, пустил я ответную шпильку.
- И да и нет, Шепард, и да и нет. – Несмотря на попытку хохмить, смотрел кроган зло, даже без учета своей, далеко не «плюшевой» внешности. Это проявлялось и в разговоре, в тоне Рекса преобладали рыкающие нотки: - Но ты уже прочухал всю глубину лицемерия этих ублюдков из Совета, или еще нет? А, Шепард, слышал я, что тебя отстранили. Что, слишком близко подобрался к Сарену, верному песику Цитадели?
Нет, однозначно, на Цитадели кто-то жестко сливает инфу, хотя мне, должно быть уже абсолютно пофиг.
- Слухами земля полнится. – Растянул я губы в улыбке. До сих пор цель этого разговора была мне не ясна, но что-то мне подсказывало, что скоро от взаимных расшаркиваний наемник перейдет к сути.
- Полниться,Шепард. Кстати, еще один слушок есть, хочу чтобы ты знал. – Урднот рыкнул: - Еще одно решение нашего всеми любимого Совета. Так вот, группа саларианского спецназа, находит базу Сарена на Вермайре,  и обнаруживает, ты не представляешь, кроганов, которых вылечили от генофага. А, как тебе такое, Шепард. Спасение целой расы, вот оно, на Вермайре, то, чего мы так долго ждали и надеялись. Слушок доходит до меня, я бросаю все и лечу туда, а там… - Злоба исходившая от крогана стала почти осязаемой: - Радиоактивная пустыня. А Совет только руками развел, мол, Сарен, такой сякой, взял да и взорвал там термоядерный заряд, причем, ты представляешь, лично! Как тебе такое, а?
«Вот же». – Думал я, глядя на Рэкса: «Вермайр, ключевая точка в отношениях с ним. Только здесь решения принял Совет, и уничтожение кроганов подтолкнуло его к союзу со мной».
А кроган шумно вздохнул, теряя пыл, сказал устало: - Кроганы всегда были хорошими бойцами, запомни это, Шепард. Если захочешь меня найти – ищи на Тучанке.
Голограмма погасла, а я только невесело усмехнулся: «Канон, канон, куда же ты».

А что дальше? будет атака жнеца на цитадель?