Вот он - непонятный момент.
Почему их в свой полк не вернули? Ведь 12-й ИАП 64-й дивизии отправили доукомплектовываться лишь ближе к октябрю.

В мемуарах, насколько я помню, говорилось о том, что сбитых лётчиков, вышедших через линию фронта, в итоге отправляли в свои подразделения.

Глобально...
Правда, ничего ему особо не мешает и в истребительной авиации все эти навыки получить (ночью - на МиГ-3, например).
Советую не усложнять, а вернуть их всех в свою часть - ведь ГГ же ещё надо с Орловым поговорить, и убедить того заступиться за командира эскадрильи.

С возвращением всё вообще элементарно - ГГ ведь попросил связаться с майором ГБ Орловым из НКВД Украинской ССР.
Когда особисты свяжутся, просьба у Орлова к ним однозначно будет одна - оказать Северову, а заодно и его сослуживцам, содействие в продвижении в Киев. На момент 17-20 августа 1941 года, зам. наркома (которым, исходя из звания, должен быть Орлов) ещё находился в Киеве, поэтому и связь с ним могла иметься, и Северов с сослуживцами смогли бы туда пусть и не быстро, но добраться. Разговор Орлова и Северова, ближе к началу сентября, был бы, вероятно, достаточно коротким, но ёмким (так как полным ходом шла эвакуация НКВД из Киева, и осуществлялось уничтожение документов). После чего, можно бы было предусмотреть вариант с организованным Орловым переводом Северова из 12-го ИАП на МиГ-3 в авиацию НКВД в Быково, а его сослуживцев отправили бы в свой полк (при этом сам 12-й ИАП чуть позже отправили бы на переформирование в Ростов-на-Дону). Также, Орлов мог пообещать Северову, что выяснит, где находится его командир эскадрильи и разберется с ситуацией.