Подскажите свой источник про нейтральные флаги в порту противника и бережное к ним отношение.
Помимо "закона", есть еще и "понятия". Во время РЯВ Россия в РеИ была, практически, в политической изоляции. В АИ дело получше обстоит, но - в мире не любят сильную Россию. В данный момент АИ Россия выносит Японию с разгромным счетом, да и Британия уже успела больно огрести. В такой ситуации давать иным странам если не прямой казус белли, то хоть бы и спорный повод для вмешательства на стороне Японии - не самое разумное решение.
Так что, да, в этой ситуации русский флот мог начать гасить всех без предупреждения, по принципу "море умеет хранить тайны", и миноносец не был бы потерян. А потом САСШ предъявят ультиматум - арестовать и предать международному суду адмирала Макарова или война. Сколько русских моряков погибнет в битве с флотом САСШ - можете прикинуть...