По хронологии Сильмарилиона получается явная нестыковка в происхождении орков.
Верно. нестыковка имеется. Но, Сильмарилион не был закончен. Мы точно знаем, что при первом восходе пробудились люди трёх племён, и то со слов дальних потомков пробудившихся, постаравшихся забыть о прошлом. О сроках пробуждения остальных людей мы ничего не знаем. Исходя из того, что эльфийская версия происхождения орков отвергнута, а в эссе " О друаданах" упоминается, что эльфы Средиземья считали орков производными от людей, то приходим к выводу - орки произошли от людей пробудившихся преждевременно, после падения Столпов Света. Вероятно, в результате катастрофы место их сна оказалось под угрозой уничтожения, и Эру был вынужден пробудить их, чтобы дать шанс на спасение. Впоследствии эти люди приспособились к жизни во тьме и стали сильно отличаться от непробудившихся. Их и назвали орками. Такова моя теория.
Я насчёт роста ничего и не говорил. Шимпанзе тоже гораздо меньше человека, но в среднем физически сильнее.
Исходя из вооружения орков - не сильнее человека того же размера.