Предположу, что все-таки отдельно. Эскадрилья - это уже самостоятельное подразделение. На авианосце, по крайней мере.
А на оглашение какого-нибудь приказа они могут вместе собираться?
Корабля обеспечения чего?
Крейсера, разумеется - снаряжение там на борт доставить, боеприпасы, топливо. В целях придания автономности добавил - крейсер на планету опустится не может, а поднять что-нить большое где-нибудь на "отсталой" планетке вдруг да понадобится?..
Или не годится такой вариант? Просто челнок на мой взгляд скорее для мелочей каких-нибудь предназначен и действительно ближе к шлюпке, шаттлу - или как там это называется? Эх, ну на фига я взялся за тему, где ни черта не понимаю!!!