Гены ангелов настолько совершенны и сильны, что даже в пассивном (не активированные) состоянии просто-напросто блокируют все вмешательства?
Нет, просто именно конкретно "эта" Рей для модернизации непригодна. Разброс среди серийных образцов - кто-то из клонов был абсолютно здоров, кто-то имел врождённые заболевания... Рей-2 не повезло. Собственно, по описаниям в тексте, её диагноз можно поставить достаточно чётко.
тогда получается, что Наоко Акаги убила Рэй
Вообще-то я никогда не говорил, что Наоко кого-то убивала.