По России, и даже по Москве, не так уж много народа интересуется вопросами территориальности. Опять же, "город С" у Вас в произведении вполне себе фигурирует, хотя ничего плохого о нём Вы не пишете.
В целом, по указанным мной причинам, лучше избегать конкретных наименований учреждений и организаций в тех случаях, когда их персонал по сюжету совершает что-нибудь плохое.

Среди собственников и руководителей ЧОПов нашего города достаточно много моих бывших сослуживцев, поэтому я, естественно, немножко в курсе, что и как происходило в былые времена. Однако сейчас обстановка кардинально изменилась, и Вам стоит это учитывать. Ведь сейчас не девяностые, и даже не начало двухтысячных - уже лет десять назад всё сильно поменялось.
Именно поэтому я специально для Вашего сюжета разработал "рабочую модель" восстановления Вашего персонажа на службе, с предоставлением ему соответствующих эффективных возможностей для влияния на ситуацию.
Если он будет "ниже по уровню" - воздействие будет неправдоподобным.
Если "Игорь Иванович" будет депутатом, а не полицейским - построенная Вами модель будет выглядеть недостаточно достоверной.
Если "Арнольдика" не включить в "коррупционную полицейскую пирамиду" - схема взаимодействия с бандитами не будет выглядеть логичной.

Я исхожу не из художественных произведений, а из того, что реально происходит в нашей стране.
Применительно же к авторам, ранее работавшим в органах, отмечу, что, к примеру, даже Корецкий отчасти "застрял в девяностых" и "на рубеже веков" (в более поздних произведениях). Сейчас, буквально за десяток лет, обстановка изменилась "до неузнаваемости", поэтому имеющиеся у большинства таких писателей сведения, к сожалению, очень сильно устарели.
Iskander_2rog, именно поэтому, я и предлагаю Вам внести коррективы в сюжет и строить его дальше на основе актуальной информации.

Так я Вам именно об этом я и пишу - ситуация кардинально изменилась, но далеко не в лучшую сторону. Просто она сейчас совершенно другая, поэтому ни на то, что было в девяностых или с десяток лет назад, ни на то, что различные авторы пишут в детективах и псевдодетективах, ориентироваться не стоит.
Лучше берите за основу нашу нынешнюю реальную и неоднозначную действительность, о некоторых специфических нюансах которой, я Вам написал ранее.

Когда мой сын начал оформляться на должность командира взвода в одну из частей Минобороны, я немножко поизучал обстановку в этой части, и, честно говоря, ужаснулся... Поэтому, когда после всех комиссий, сбора справок, получения допуска и сдачи экзамена по физкультуре, моему сыну в военкомате сообщили, что знают, как его оформить теоретически, но не могут практически, я особо не расстроился - ведь с его принципиальным характером он бы там точно оказался... "белой вороной". Сейчас проходит военно-врачебную комиссию в... другое место...

На котором выбрал - не вышло из-за... странных военкоматовских проблем организационного характера.
Посмотрим, что в этот раз будет (и в другом месте, как оказалось, чудноватости присутствуют).

Нет. Официальный статус - штука нужная.
Соответственно, Конюшкин ничем, кроме загрузки по работе, особо не связан и удостоверение у него имеется (сразу обозначу - оружие у него может быть лишь во время суточного дежурства в составе СОГ). Так что, ходить и вопросы задавать он сможет в свободное от работы время запросто. Однако, кроме периода отпуска, это только вечером, либо после суток, так как следователь в течение дня жестко "привязан к месту", а если иногда и покидает здание отдела, то обычно или для выезда на следственные действия с операми, или для работы с подозреваемыми и обвиняемыми в СИЗО и ИВС (во многих СИЗО обычно очередь в кабинеты, поэтому время "выкроить" получится лишь тогда, когда очереди не окажется).
Денисов, будучи пенсионером, вообще ничего серьезного узнать не сможет, так как официального статуса у него не будет, а к пенсионерам МВД в полиции отношение... совсем не такое, как было в милиции.
Применительно к его восстановлению, фсба, в принципе, не требуется - генерал может сам инициативу проявить. Типа, заслушивал сотрудников, листал материалы дела по группировке, в которой состоят "Арнольдик" и его покровитель, и, вдруг, обнаружил, что злодеи "выперли" из органов его бывшего сослуживца по Афганистану. После этого, дал команду установить, где находится Денисов и как с ним связаться, а также отправил работника ознакомиться с личным делом Денисова для проработки варианта восстановления.
Немножко "рояльно", конечно, но почему бы и нет...

"Чернуха" - это очень плохо. В литературном произведении стоит соблюсти разумный баланс и не заниматься "антирояльщиной".
Однако дело не только в этом...
Главгероиня оставила достаточно много следов, и обзавелась несколькими контактами, наиболее чёткие из которых - Конюшкин и Антонина Генриховна. С учётом того, что Генриховна - судмедэксперт, у злодеев не получится спрятать главгероиню в психушке, так как сейчас "медицинская мафия" работает очень чётко - очень многие медики "взаимосвязаны". А психдиспансер, где "дурки" для органов и судов делают - это вообще отдельный разговор, и там её преступники держать вообще никак не смогут. Единственный вариант для злодеев - увезли, якобы, в психушку, но она там так и не появилась, а реально держать они похищенную могут только в совершенно нелегальном месте - скорее всего, в каком-нибудь отдельно стоящем коттедже в области.

Кроме того, Iskander_2rog, есть у Вас в тексте ещё один момент, сильно препятствующий "чернушному" развитию событий:

Уж не знаю, что Вы подразумевали, когда это написали, но лично я, например, примерно представляю, в каком "сегменте" Генштаба может служить такой генерал, и с кем он неизбежно контактирует по работе...

Кстати, есть ещё момент...
В одном из фрагментов текста фигурирует персонаж "Борис Иванов", однако в советской истории, среди руководства КГБ СССР тоже имелся Борис Иванов, в связи с чем, советую персонажа переименовать (типа, "Иван Борисов" или как-нибудь ещё).