Вернулся из Сибири в 1863 (был принудительно выслан царём из Читы по представлению генерал-губернатора Муравьёва — уникальный в отечественной истории случай — выслали из Сибири в Европейскую Россию. Власти считали пребывание его в Забайкалье опасным — Завалишин писал статьи, разоблачающие злоупотребления местной администрации). Обосновался в Москве. Участвовал в печати, публикуя статьи и воспоминания («Московские ведомости», «Русский вестник», «Русская старина», «Исторический вестник» и другие газеты и журналы). Автор обширных «Записок декабриста» (Мюнхен, 1904; Санкт-Петербург, 1906), содержащих важные, хотя и не лишённые тенденциозности, сведения о жизни декабристов в Сибири.