Вот что пишет об образовании Генерального штаба Ю.Н. Данилов, служивший в то время в оперативной части Главного штаба.
В столь трудное время в оперативную часть Главного штаба стал все чаще захаживать для сбора различного рода справок, часто секретных, генерал Палицын, занимавший должность начальника штаба генерал-инспектора кавалерии. Занимая в то время должность начальника оперативного отделения, я вынужден был в конце концов испросить у своего начальства указаний, могу ли я удовлетворять пожелания генерала Палицына. Получив утвердительный ответ, я из него мог усмотреть, что генерал Палицын выполняет какое-то поручение, остающееся пока секретным. Я не выразил поэтому особого удивления, когда вскоре прочел в одном из высочайших приказов об учреждении должности начальника Генерального штаба, о чем много говорили тогда, и о назначении на эту должность генерала Палицына с выделением в его ведение нескольких отделений Главного штаба, ведавших вопросами оперативными, железнодорожными и топографическими. Несколько позднее в Главное управление Генерального штаба перешла также мобилизационная часть. Здесь кстати будет сказать, что вместе с учреждением должности начальника Генерального штаба последний по примеру Германии был изъят из подчинения военному министру, и, таким образом, по вопросам, подведомственным начальнику Генерального штаба, он являлся прямым докладчиком у государя императора. Порядок этот не дал, однако, у нас в России ожидавшихся результатов, и весьма скоро начальник Генерального штаба, выделенный из состава Военного мини-ерства, оказался совершенно оторванным от жизни и бессильным в проведении тех мер, которые казались ему необходимыми. Настоящим хозяином дела продолжал оставаться военный министр, в ведении которого оставалось распоряжение бюджетом. Вместе с тем наличие двух докладчиков по военным делам лишь излишне должно было стеснять государя, в особенности в случае разногласий между ними. По этим соображениям уже в 1908 г. Главное управление Генерального штаба было вновь введено в состав Военного министерства. Начальник Генерального штаба был подчинен военному министру, и за ним было оставлено лишь право личного доклада государю в отдельных случаях в присутствии военного министра. В таком именно виде положение о начальнике Генерального штаба продержалось в России до войны 1914 г.
Назначение на должность начальника Генерального штаба генерала Палицына, многолетнего сотрудника великого князя Николая Николаевича, ясно указывало, что в гору идет влияние последнего. И действительно, почти одновременно с новым назначением генерала Палицына был учрежден Совет государственной обороны, во главе которого оказался великий князь Николай Николаевич. Вместе с тем, спешно вызванный из деревни в Петербург, он заменил одновременно и великого князя Владимира Александровича, дядю императора Николая II, на посту главнокомандующего войсками гвардии и Петербургского военного округа. Этот последний пост ввиду положения, создавшегося в России, в частности в Петербурге, получил к тому времени исключительную важность, так как в руки лица, находившегося во главе войск столичного округа, по существу, передавалась судьба столицы, а с нею и всей империи.