Наверное, самый универсальный способ. Я не только в голове держу, но и, пока не сбежало в ином направлении вдохновенье, пишу в ходу увидевшиеся эпизоды (как правило, изначально и видятся ключевые по действию или по раскрытию характеров). Это рассказ можно успеть написать, пока картинка все еще видится. А для более крупных вещей этот способ себя оправдывает - потом написанное выстраивается в хронологическом порядке, остается закрыть пробелы. Но, конечно, палка о двух концах: когда самое "вкусенькое" написано, очень трудно добиться от себя качественной работы над прочим. У меня это причина возникновения долгостроев.

Сначала возникает очень яркая чуственно-эмоциональная картинка. Начинаю её описывать, возникает (или не возникает) необходимость обоснования происходящего т.е. прошлого и продолжения т.е. будущего. В ходе написания эпизодов возникает справочный аппарат: хронология, топонимика, имена героев и т.д. Примерное развитие сюжета, как правило, в картинках держу в голове и более-менее плавно подвожу к нему.
Держать нужное настроение часто помогает музыка. Если и не упоминаю её в тексте, то слушаю в процессе написания.

Подробнее просто:
1. Решаю, что именно хочу сказать. Самое главное. Остальное всплывает, когда начинаешь формировать персонажей и изучать мир.
2. Из пункта 1. формируется основной сюжет. Создаются персонажи.
3. Основной сюжет разбивается на эпизоды-арки (целостные сюжетные ходы, которые можно назвать "черными ящиками" - они сами в себе, а глобальный сюжет или идет мимо них - мир то большой, либо проходя внутри них преобразуется как в "черном ящике" - данные на входе/данные на выходе). Формируется крупная структура текста. Тогда же определяется масштабный таймлайн - совмещение "черных ящиков" в пространстве времени. Персонажи должны изменяться в рамках эпизодов-арок. Для этого создается и перечень ключевых моментов эпизода.
4. Внутри эпизодов создаются минисюжеты-главы, в рамках которых меняется состояние персонажей. Составляется таймлайн.
5. Минисюжеты-главы разбиваются на жесты - действия/реакции/побуждения персонажей увязанные в пространстве и времени между собой. Тут уже используется таймлайн из пункта 4.

Создание персонажей отдельная песня.

Прибылов, вот это я понимаю, серьезная теоретическая база подведена под вопрос!!! ))