Большое спасибо за правки и замечания! Конец фрагмента в свете отсутствия знамени будет выглядеть так:

- Во-первых, отдать письменный приказ о сдаче, передать полковые документы и печать… - При этих словах немец набычивается и сжимает кулаки, но, видя мое покачивание головой, сникает и, как будто, сдувается. – Во-вторых, солдаты по команде своих командиров выходят поочередно из вагонов и с поднятыми руками идут вон в те пакгаузы. Офицеры могут оставить при себе личное холодное оружие,  все остальное вооружение остается в эшелоне… Поймите, герр оберст, вы проиграли. Но теперь только от вас зависит, умрет сейчас тысяча немцев, или останется в живых. 
- … Хорошо… Мы сдаемся… Хотя со мной следует только первый батальон… - Полковник всё же подчиняет эмоции жесткой логике. – Майор фон Виттель, подготовьте приказ…
   Штабной вагон уже под охраной двух унтеров, последний немецкий солдат, пройдя мимо редкого оцепления из свободных штурмовиков, скрывается в темноте склада. Германский полковник, закаменев, стоявший всё это время рядом, поворачивается ко мне.
- Вот и всё… Вы позволите мне побыть немного в одиночестве?..
   Он, не торопясь, тяжелым шагом уходит за один из пакгаузов, на ходу доставая из кармана портсигар.  Кивком прошу Пепеляева присмотреть за немцем и иду учиться управлять железнодорожным «танком». Но дойти не успеваю, от складов слышится негромкий одиночный выстрел. Поворачиваю и несусь обратно.
   Полковник лежит на земле, на груди расплылось темное пятно, в руке зажат маленький маузер, Анатолий Николаевич растерянно стоит рядом с начальником штаба майором фон Виттелем и еще несколькими офицерами, почти мгновенно приведенными сюда, чтобы не возникло лишних эксцессов, сопровождающихся обильной кровью и уже ненужными жертвами… Наверное, фон Кэрн когда-то тоже слышал о Бусидо,.. или посчитал, что так достойно смоет свою вину за сдачу полка…

Полковник, как я думаю, - человек чести, поэтому заподлянок делать не будет.