Вообще-то, в ТЗ на Шилку предусматривалось отсутствие крыши--она понадобилась для защиты электронного оборудования.    
Так что, лучше открытая башня.

Нафиг, ибо нефиг... самолёты поменяли всю концепцию ведения войны на море. "Большие горшки" теперь получается, нужны как охрана АВ и для артиллерийской поддержки десанта. ИМХО, будущие линкоры должны иметь облик типа французских "Ришелье", со скоростью 32 узла, с толстой (200 мм суммарно) бронепалубой, относительно тонким бронепоясом (не более 300 мм), развитой ПТЗ. Орудия ГК--500 мм в трёхорудийных башнях, стреляющие активно-реактивными снарядами, в перспективе: с системой самонаведения, с кассетной БЧ--в самый раз для поддержки десанта... (Орудия--аналог немецких послевоенных разработок типа RAK из наших шарашек, с весом на порядок легче классических систем)
Корма остаётся свободной для СК, в перспективе: вертикальные ПУ ЗРК самообороны и вертолётный ангар.

вряд ли...
проблема логистики - раз
другие ГА остаются без резерва - два

Я же сказал, берем только Синано. Его сначала ка кпарту, потом делаем из него "плавую хорошо бронированную ракетную батарею. Где много ПКР, много ЗРК, много ЗА автоматизированной и мощная ПЛО, причем все это максимально автоматизированно. Чтобы АУГ его всем составом долбить задолбался попутно потеряв большую часть авиагруппы и все АВ или утонули бы или вышли из строя.
У ПКР то дальность действия будет наверное примерно равной с эффективной дальностью авиагруппы АУГ. Так Ползая где-нибуть в300- 500 км от АУГ эта наша бронированная плавучая батарея массированной атакой ПКР вполне способна превратить АУГ в хлам и при том имеет достаточно нормальные шансы на выживание за счет бронирования и сильной ПВО, если бой без ЯО. 
Этакий гибрид ракетного крейсера с крейсером ПВО в бронированной упаковке.

п.4 Нафиг! Как чисто зенитные--они уступают малокалиберным скорострельным автоматам по вероятности поражения цели, как противокорабельные--"не дотянутся" до цели, её раньше 130-мм расстреляют. И вообще, не барское это дело...
п.5 В башне Шилки размещается боекомплект, РЭА и экипаж. На корабле они будут управляться от единой БИУС, боекомплект лучше разместить в защищённом месте--под палубой. Короче, как и в РИ--АК-630 рулит! Он, конечно, не такой впечатляющий, как башня Шилки, зато мощней и эффективней.