Полно и ясно раскрывался внутренний мир царя и в его постоянном общении со святыми, преподобными, иноками, юродивыми, странниками.
Знаменитый московский юродивый Василий Блаженный хаживал к царю, не стеснялся обличать его в рассеянности при молитве, умерял царский гнев ласковым: «Не кипятись, Иванушка». Блаженный умер на руках у царя, предсказав ему, что наследует государство Российское не старший сын Иван, а младший — Федор. При погребении святого царь сам с ближайшими боярами нес его гроб.
В 1564 доверенный друг Ивана, кн. Андрей Курбский, наместник царя в Дерпте, тайно, ночью, оставив жену и девятилетнего сына, ушел к литовцам. Мало того, что он изменил царю, Курбский предал родину, став во главе литовских отрядов в войне с собственным народом. Подлость всегда ищет оправдания, стараясь изобразить себя стороной пострадавшей, и князь Курбский не постеснялся написать царю письмо, оправдывая свою измену «смятением горести сердечной» и обвиняя Иоанна в «мучительстве».
Терпеть далее такое положение вещей было нельзя. Оно грозило не царю — под угрозой оказывалось существование России. После долгих и мучительных колебаний Иван Грозный принял единственно возможное для христианина решение: вынести дело на всенародный суд.
Отдельного упоминания стоит история взаимоотношений царя со святым митр. Филиппом, принявшим кафедру московских святителей в 1566. Царь сам выбрал Филиппа, бывшего тогда Соловецким игуменом.
Единодушие «священной сугубицы» — царя и митрополита — лишало боярские интриги возможности маневра, достигавшегося в их «лучшие времена» противопоставлением двух центров власти — светского и церковного.
Но единодушие государя и первосвятителя было невыносимо тем, кто в своем высоком положении видел не основание для усиленного служения царю и России, а оправдание тщеславным и сребролюбивым начинаниям.
Тактика интриги была проста: лгать царю про митрополита, а святителю клеветать на царя. При этом главным было не допустить, чтобы недоразумение разрешилось при личной встрече.
Состоялся «суд». Царь пытался защитить святителя, но вынужден был согласиться с «соборным» мнением о виновности митрополита.
В день праздника Архистратига Михаила в 1568 свт. Филипп был сведен с кафедры митрополита и отправлен «на покой» в московский монастырь Николы Старого, где на его содержание царь приказал выделять из казны по четыре алтына в день. Но враги святого на этом не остановились, добившись удаления ненавистного старца в Тверской Отрочь монастырь, подальше от столицы.
Во время новгородского расследования царь оставался верен привычке поверять свои поступки советом людей опытных в духовной жизни, имевших славу святых, праведников.
Так и стало, тем более что по въезде в Псков царя встретил юродивый Никола, всему городу известный праведник. Прыгая на палочке перед царским конем, он приговаривал: «Иванушка! Покушай хлеб-соль (жители города встречали Ивана постной трапезой. — Прим. авт.), чай, не наелся мясом человеческим в Новгороде!» Считая обличения юродивого за глас Божий, царь отменил казни и оставил Псков.