Ох, коллеги, бактериологическое оружие это такой снаряд, который с заметной вероятностью вернётся выпустившему его в лоб. Потому что живые существа при размножении неизбежно подвергаются случайным мутациям, способным радикально изменить их поведение.
И ещё одно соображение, уже не биологическое, а политическое: враг может стать союзником, а вот труп так и будет трупом.
В данной альтернативе Москва ведёт успешную экспансию и на запад и на восток и, с победой над Ливонией, выйдет на Балтийское море. А это несколько отвлекает от экспансии на юг., но в то же время позволяет привлечь степняков из Северного Причерноморья и вообще степного пояса Евразии к такому увлекательному занятию, как грабёж западных соседей-конкурентов. Ну и просто к взаимовыгодной торговле. Помнится, это хорошо описывал Димыч в "Последнем князе удела". Вот что, по-моему, продуктивнее обсасывать.