Ту-95МС, составляющий костяк стратегической авиации России, является носителем крылатых ракет Х-55. В модификации Ту-95МС6 в грузовом отсеке на многопозиционной пусковой установке барабанного типа МКУ-6-5 размещается шесть таких ракет. В модификации Ту-95МС16 в дополнение к внутрифюзеляжной пусковой установке, предусмотрена подвеска ещё десяти ракет Х-55 на четырёх подкрыльевых держателях: две МКУ-2 (по две ракеты) и две МКУ-3 (по три ракеты на каждом). Самолёты модификации "МС-16" имеют унифицированную с Ту-160 систему управления ракетным оружием. По договору ОСВ-2 со всех Ту-95МС-16 держатели внешней подвески ракет сняты. Оборудование для применения свободнопадающих боеприпасов с самолётов также демонтировано.

Освоение и эксплуатация самолёта сопровождались значительными трудностями. Кабина имеет плохую эргономику и плохо приспособлена к длительным полётам. Неудобные сидения и туалет — переносной бачок со стульчаком, сухость и загрязнённость воздуха масляной пылью — все это приводило к преждевременной усталости экипажей. В модификации Ту-95МС часть недостатков была исправлена. Но всё равно до сих пор имеют место: неудобные сиденья, минимум кухонного оборудования, совершенно отвратительный унитаз со встроенным бачком-накопителем, которым стараются не пользоваться до последнего, а в повседневной эксплуатации он используется как ёмкость для заглушек ПВД и «Журнала подготовки самолёта к полётам». Для нужды по малому каждый член экипажа имеет индивидуальный писсуар, который принадлежит самолёту, а не экипажу. Отсутствуют специальные сиденья для отдыха, спальные места и гардероб. Спать или отдыхать можно на наклонной крышке входного люка, на чехлах. Для перевозки личного имущества используется техотсек за грузоотсеком, где натягивают верёвки или контровку, чтобы добытое «честным трудом» барахло при эволюциях лайнера не падало на тяги управления (на Ту-95РЦ в техотсеке был штатный контейнер для укладки личных вещей и обмундирования экипажа).